Ученые из России и США в 10 раз ускорили создание лекарств от рака

Это поможет созданию лекарств от рака и врожденных болезней, сообщает журнал PNAS.

«Новый подход позволяет моделировать взаимодействия белков на уровне генома. Это позволяет лучше понять, как функционируют наши клетки и разрабатывать лекарства от болезней, вызванных «ошибочными» белковыми взаимодействиями», — заявил Дмитрий Козаков из Московского Физтеха в Долгопрудном и университета Стоуни-Брук в Нью-Йорке (США).

Даже самые простые белки состоят из нескольких сотен и тысяч аминокислот, зачастую закрученных в сложную трехмерную структуру. Поэтому определить, как один белок будет взаимодействовать с другим внутри организма, является крайне сложной вычислительной задачей, с её решением с трудом справляются даже суперкомпьютеры. Козаков и его коллеги заметно упростили эти вычисления и ускорили их как минимум в 10 раз с помощью методов квантовой физики, позволивших им «разбить» молекулы белков на своеобразные «кубики».

Их взаимодействие друг с другом и соседями можно просчитать отдельно при помощи систем параллельных вычислений. По словам исследователей, новый метод расчетов может работать до 100 раз быстрее существующих систем симуляции «докинга» белков, при этом оставаясь столь же точным. По словам учёных, такая программа «считается» 15 минут на персональном компьютере и является серьезной альтернативой экспериментальным методикам определения белковых взаимодействий. «В обычной клетке осуществляются тысячи различных белковых взаимодействий. Объяснение этих взаимодействий помогает описывать важные процессы: работу организма в целом и методов лечения некоторых заболеваний, к примеру, рака», — заключает Дмитрий Козаков.

Источник: STRF.ru